A GR Yaris karosszériájának, formavilágának kialakításakor a Toyota nem titkolt célja az volt, hogy a jövő Toyota WRC autójának homologizációs modelljeként szolgáló utcai erőgép a nemzetközi rally-mezőnyben is helytálljon. Ennek köszönhetően az autón kívül csak néhány sorozatgyártású elem található, ezek az első-hátsó lámpák, a külső visszapillantók és az antenna. Az alacsony tetővonalú háromajtós kialakítást a lehető legjobb légellenállási jellemzők elérése indokolja, de a sportautós gyökerekre utal sportos és vezetőközpontú műszerfal is.
A GR Yaris szerkezetének megtervezésekor természetesen a lehető legjobb menetteljesítmények elérése volt a legfőbb konstruktőri cél, s ennek érdekében a TOYOTA GAZOO RACING mérnökei szorosan együtt is dolgoztak a márka WRC-partnere, a Tommi Mäkinen Racing szakembereivel. Bár a GR változat alapja a sorozatgyártású ötajtós Yaris, a külső elemek közül csak a fényszórók, a visszapillantók és az antenna került át változatlanul a sorozatmodellről. Minden egyéb megváltozott vagy kicserélődött a lehető legjobb légellenállási jellemzők és menetstabilitás elérése érdekében.
A GR Yaris teljes hossza 3.995 mm, ami 55 mm-rel több az alap-Yaris hasonló értékénél, miközben a tengelytáv változatlanul 2.560 mm. Az áttervezett orr és hátsó rész hatására megnőttek a karosszéria túlnyúlásai, elöl 40, hátul 15 mm a többlet. A teljes szélesség (1.805 mm) 60 mm-rel nőtt, miközben a magasság (1.455 mm), 45 mm-rel csökkent. A legfontosabb külső változás ugyanakkor az ajtószám csökkenése ötről háromra. Az új Yaris családjában csak a GR háromajtós, ugyanis a WRC szabályai tiltják az ajtók formájának vagy áramlási jellemzőinek megváltoztatását, légterelő elemek hozzáadását.
A lehető legnagyobb leszorítóerő elérése érdekében a fejlesztők csökkentették a karosszéria magasságát: a tetővonal a leghátsó részen 95 mm-rel fut alacsonyabban, mint a többi Yaris modellen. Ennek hatására a menetszél nagyobb felületen éri a csomagtérajtóra szerelt nagyméretű légterelő elemet, így a leszorító erő is megnő. A WRC versenyváltozat mintájára a karosszéria oldalsó elemeinek áramlástechnikai kialakítása is módosult: így egyenletesebb az áramlás, már az első kerékjáratoktól kiindulva, végig a karosszéria oldalvonala mentén. Az orrkialakítás kifejezetten célszerű, jellegzetes GR “mátrix” elrendezésű. A motor vízhűtőjére, a turbó közteshűtőjére, és végső soron a motortérbe jutó levegő a nagyméretű, méhsejt-rácsos alsó légbeömlőn át érkezik. A komoly leszorítóerőt termelő első légterelő emelt középső része az autó alatti légáramlás alakulásában is meghatározó.
A mélyre húzott alsó és felső terelő élek a sarkokon növelik a leszorítót, különösen kanyarokban. A rácsot nagy, függőleges nyílások fogják közre, ezek az első fékekhez és a közteshűtőhöz vezetik a levegőt, a kör alakú, LED-es ködfények a lökhárító széleire kerültek. Az alsó rácson kapott helyet a GR logó, de megtalálható az első sárvédőkön és a csomagtér ajtaján is, a jobb oldali LED-es lámpatest mellett. Hátul a nagyméretű légterelőn kívül a tetővonal és a hátsó oszlopok is növelik a leszorítóerőt, a széles nyomtáv és a hátsó sárvédők légterelői pedig tovább erősítik az autó széles és alacsony látványának hatását. A hátsó szárny oldalelemei simák, így finoman kifelé terelik a levegőt, ami hatásosan csökkenti a légellenállást. A hátsó lökhárító diffúzorának is fontos szerep jut a menetellenállások minimalizálásában. A fejlesztőcsapat figyelme az autó alatti levegőáramlás alakítására is kiterjedt: alsó burkolat fedi a motorteret, burkolat borítja a padlólemez jobb és bal oldalát, és terelőlapokat szereltek minden egyes kerékjárat elé. A GR Yaris négyféle színben elérhető a TOYOTA GAZOO Racing versenyszíneinek megfelelően. A Szuperfehér az alap, a Gyöngyfehér, az Érzéki vörös és a Fekete pedig rendelhető.
Versenyközpontú utastér
A GR Yaris belső tere tökéletesen tükrözi az autó versenyközpontúságát; mindez különösen a műszerfalon érhető tetten. A műszercsoport ugyanúgy két fő műszerből áll, mint a sorozatmodellek esetében, de az autó használati módjához igazodó speciális funkciók is megjelentek. A 4,2 col képátlójú, színes TFT információs kijelzőn például a GR-FOUR összkerékhajtás működése (a kiválasztott üzemmód és a pillanatnyi nyomatékelosztás) is nyomon követhető, de ugyanígy megjeleníthető itt a turbónyomás is. A minden helyzetben kiválóan leolvasható analóg főműszerek mutatói pirosak, számaik fehérek. A sebességváltó karját a többi modellénél 50 mm-rel magasra emelték, és a kormányhoz is közelebb került, így a vezető gyorsabban kapcsolhat. A kar könnyen, pontosan és rövid utakon jár, ez is komolyan hozzájárul a vezetés élményéhez és élvezetéhez. A GR Yaris kéziféke hagyományos, mechanikus működtetésű karos, így menet közben is könnyen használható a kanyarokban. Az ilyen használatra az összkerékhajtást is felkészítették, a kéziféket menet közben behúzva ugyanis a hátsó hajtás kuplungja azonnal old, így a hátsó kerekek automatikusan kikapcsolódnak a hajtásláncból. A GR-FOUR üzemmódváltó kapcsolóját a váltókar elé szerelték, menet közben is könnyű váltogatni az üzemmódok (Normal, Sport és Track) között. Az utastérben a fekete szín dominál, az ajtónyitók körül, a középkonzolon, a kormányon és az oldalsó szellőzők mellett lévő betétek sötétezüst színűek. A csomagtartó 174 literes, de a hátsó támlákat előre hajtva akár négy nagyméretű biciklikerék is befér. Mivel az akkumulátort a csomagtér padlója alá szerelték, pótkerék helyett defektjavító készlet jár az autóhoz.